Zde to máš blbě :
double[][] matrixx = new double[choice][choice];
dosazeni2d(matrixx);
metoda dosazení2d je prakticky nesmysl - vkladaš do nic prazdnou matici ale asi v ní ji naplnuješ( navíc není zveřejně v kódu ) ALE a co je zásadní danou matici z té metody nezískáváš ven. Ona změněná zůstane v té metodě.
Oprava by byla vhodna takto :
matrixx = dosazeni2d(matrixx);
a metoda by měla být takto :
private double [][] dosazeni2d(double [][] matrixx) {
...... naplnění matice
return matrixx;
}