Pokud si říkáte, proč existují dvě verze (patrně jste o jQuery dlouho nečetli), tak důvodem je ukončení podpory Internet Exploreru verze 6, 7 a 8. Verze 2 (resp. již od verze 1.9) tyto prohlížeče již nepodporuje (není zaručená funkčnost pro tyto prohlížeče), zatímco verze 1 je nadále podporuje.
Kompletní přehled změn najdete na blogu vývojářů jQuery.