Předpokládám, že jsi ten systém měl funkční a až instalací python3-tk se něco rozbilo. Tak ten rozhodně odinstaluj (apt remove). Z hlavy nevím na co s to ptá, ale vyber tak ať potvrdíš odstranění.
Celkově je problém v tom, že ten systém máš poměrně starý. Takže třeba máš nějaký balíček ve verzi 0.1 a pokouší se aktualizovat na 0.2, ale v repozitářích už je jen 0.3. Kouknul jsem na některé ty chyby a požadované verze jsou pořád na old.kali.org.
Takže v souboru /etc/apt/sources.list teď máš řádek s http.kali.org. To změň na old.kali.org. A pak dej zase apt update/dist-upgrade (nebo celý ten odstavec příkazů, jak jsem ho napsal předtím). Klidně několikrát, dokud to něco instaluje. Težko říct v jakém stavu to teď máš, ale měl by ses tak dostat na starší, ale funkční verzi.
Pak můžeš zkusit zase přepsat old.kali.org na http.kali.org a znova aktualizovat, ale asi pořád budeš tak pozadu, že to neprojde. Takže tam asi rovnou nech old. Doinstaluj ten Tkinter a pokračuj v tom, co jsi chtěl dělat.
A pak někdy až budeš mít chuť, tak to úplně přeinstaluj. A celkově když jsi na "rolling" verzi nějakého systému, tak je potřeba často aktualizovat.